Вам не нужно перезапускать весь контейнер.
Tomcat, как и большинство серверов приложений, поддерживает функцию «Автоматическое развертывание». Единственное, что вам нужно сделать, это скопировать war-файл в соответствующую папку.
Автоматическое развертывание включено с атрибутом
autoDeploy=true
в теге хоста в вашем файле конфигурации server.xml.
По умолчанию в Tomcat 6:
<Host name="localhost" appBase="webapps"
unpackWARs="true" autoDeploy="true"
xmlValidation="false" xmlNamespaceAware="false">
См. Документацию Tomcat для различных способов развертывания:
http://tomcat.apache.org/tomcat-6.0-doc/deployer-howto.html#Deploying%20on%20a%20running%20Tomcat%20server