Вам просто нужно создать файл cron, а затем использовать exec для установки этого cron:
$cron_file = 'cron_filename';
// Create the file
touch($cron_file);
// Make it writable
chmod($cron_file, 0777);
// Save the cron
file_put_contents($cron_file, '* * * * * your_command');
// Install the cron
exec('crontab cron_file');
Для этого требуется, чтобы пользователь, под которым работает PHP, имел право создавать crontabs. Этот файл cron по умолчанию заменит любые другие cron для этого пользователя, поэтому обязательно спросите пользователя, хочет ли он применить cron. Также убедитесь, что папка, в которую вы записываете файл crontab, доступна для записи.