Попробуйте наложить ограничение уникальности на "Root". Обратите внимание, что это должно быть в определении элемента, а не в определении типа:
<xsd:element name="Root" type="RootType">
<xsd:unique name="uniqueValues">
<xsd:selector xpath="Foo"/>
<xsd:field xpath="UniqueValue"/>
</xsd:unique>
</xsd:element>
В зависимости от используемого вами синтаксического анализатора вам может потребоваться включить дополнительные параметры для проверки (например, «полная проверка схемы», проверка ограничения идентификации и т. Д.).