Если вы используете репликацию, то когда вы изменяете схему на одной стороне, вы должны повторно опубликовать эти статьи и повторно синхронизировать только те вещи, которые изменились.
Если вы вносите изменения с помощью сценария, просто примените сценарии изменения к обеим базам данных.
РЕДАКТИРОВАТЬ: На самом деле, если вы ЗНАЕТЕ, что вносите изменения в две базы данных, я НАСТОЯТЕЛЬНО рекомендую создать сценарий изменения, который вы можете запустить на обеих.
Если вы не уверены, что схемы синхронизированы, тогда мы используем Red Gates SQL Compare . Это фантастический инструмент (и нет, я не работаю на них)