Я предполагаю, что вы работаете в Windows. Похоже, что операционная система (по крайней мере, Windows XP) имеет тенденцию агрессивно менять настольные приложения Java, когда они минимизированы. Возвращение приложения имеет некоторую «медлительность».
Чтобы предотвратить такое поведение, в Eclipse было реализовано «исправление». Вы можете прочитать об этом в ошибка 85072 . Я не думаю, что вы можете изменить это.
Один вопрос: когда ваша система начинает зависать, вся физическая память исчезла, и вся система замедляется или только Eclipse? В последнем случае, возможно, GC замедляет Eclipse, поэтому, если у вас есть свободная память, вы можете попытаться добавить больше памяти для Eclipse (увеличьте значение -Xmx в файле eclipse.ini).