Реализовали ли вы метод -controller:didChangeSection:atIndex:forChangeType:
? Если нет, это может выглядеть примерно так:
-(void)controller:(NSFetchedResultsController *)controller didChangeSection:(id <NSFetchedResultsSectionInfo>)sectionInfo atIndex:(NSUInteger)sectionIndex forChangeType:(NSFetchedResultsChangeType)type {
switch(type) {
case NSFetchedResultsChangeInsert:
[self.tableView insertSections:[NSIndexSet indexSetWithIndex:sectionIndex] withRowAnimation:UITableViewRowAnimationFade];
break;
case NSFetchedResultsChangeDelete:
[self.tableView deleteSections:[NSIndexSet indexSetWithIndex:sectionIndex] withRowAnimation:UITableViewRowAnimationFade];
break;
}
}