Да, вы можете иметь столько целей, сколько захотите, и они могут быть любыми. Вы также можете смешивать языки, как вам нравится. Вам не нужно указывать язык для цели - язык определяется суффиксом файла (хотя вы можете настроить его поведение).
Для исходных файлов, которые необходимо скомпилировать только для одного или подмножества целей, вы можете использовать вкладку целей окна инспектора, чтобы выбрать, с какими объектами связан данный исходный файл. Выберите файл (ы) => Get Info => Targets.