Ваш код смехотворно длинный. Если массив всегда содержит два элемента, почему бы не сделать это?
function swap(arr) {
return [arr[1], arr[0]];
}
Кроме того, правильный способ вызова функции:
arr = swap(arr);
Если вы хотите, чтобы функция изменила свой аргумент, вместо этого сделайте следующее:
function swap(arr) {
var tmp = arr[1];
arr[1] = arr[0];
arr[0] = tmp;
}
... также есть встроенный метод reverse
для массивов:
arr.reverse();