Я бы порекомендовал хранить ваши источники отдельно от рабочей области eclipse, а затем использовать функцию:
Импорт существующего проекта в рабочую область.
Таким образом, вы можете контролировать свой проект, оставляя Eclipse самостоятельно управлять своим рабочим пространством (расположенным в другом месте).
Если у вас есть только источники (где угодно), но нет проекта Eclipse, все, что вам нужно сделать, - создать новый проект Java и выбрать внешний каталог в качестве корневого каталога для ваших источников.
выбор "Создать проект из существующих источников"