Это на самом деле не проблема компиляции, но вы можете столкнуться с некоторыми проблемами при интеграции некоторых сторонних компонентов в JDK между 1.4 и 6. У меня были проблемы с некоторыми компонентами, связанными с XML и WS в прошлом, например, xerces / xalan.
Даже там, где пакеты / пространства имен изменились (и, следовательно, ваши существующие компоненты, вероятно, будут продолжать использоваться вашим кодом), некоторые фоновые события автообнаружения происходят в фоновом режиме, что может привести к конфликту несовместимых версий этих компонентов.
Использование одобренного classloader / folder может решить любые проблемы без особых усилий.
Мой совет - если вы еще этого не сделали, попробуйте как можно скорее и посмотрите.