Используя некоторые знания из этого предыдущего вопроса , я бы сделал следующее
s = dir('c:\somefile.txt');
if s.bytes == 0
% empty file
else
% open the file and read it
end;
Я предположил пустым, что вы имели в виду, что в файле нет ничего, кроме символов новой строки. Если под пустым символом вы подразумеваете только символы новой строки, вам следует продолжить решение.