Вы можете разместить приложение WCF вне IIS, используя WAS, службу Windows или приложение .NET.
Конечно, было бы возможно спроектировать систему с использованием IIS, которая могла бы справиться с нагрузкой, которую вы описываете. Является ли это хорошей идеей или нет, на самом деле зависит от приложения. Я полагаю, что вы, возможно, посмотрите на сравнительный анализ некоторых нагрузок, чтобы определить, быстрее ли он размещается в IIS или если вы размещаете приложение WCF вне IIS.