Я бы сказал, что, строго говоря, очистка ваших данных должна происходить в контроллере, но очистка также обычно относится к очистке пользовательского ввода, чтобы избежать многих проблем, таких как внедрение SQL. Поскольку вы используете термин «дезинфекция» в другом контексте, мы должны уделять больше внимания тому, что это за контекст.
Вы не очищаете пользовательский ввод, а это означает, что в контроллере этого не требуется. Вы изменяете результат этого действия в зависимости от того, существует ли сохраняемый элемент в базе данных. Поэтому, на мой взгляд, это должно происходить в модели (или, как определено MunkiPhD, иметь метод в некотором классе вспомогательного класса, который вы можете вызывать из любого места - но я говорю, вызывайте его в модели).
Редактировать: Обычно в MVC модель знает, должна ли она сохранять новую строку в базе данных или обновлять существующую в зависимости от того, имеет ли экземпляр вашей модели действительный идентификатор. Если у него есть идентификатор, модель следует сохранить в строке, индексированной по этому идентификатору. Если это не так, модель создает новый. Насколько я понимаю, все, что вы хотите сделать, это знать, где заставить его решать, создавать ли новый или обновлять существующий, и это происходит в модели.