У меня тоже была эта проблема, когда я взял .vimrc из gVim для Windows и использовал его с MacVim.
Я заметил, что vi, поставляемый со снежным барсом, жалуется на строки, заканчивающиеся на ^ M (или возврат каретки, или "\ r"). После преобразования новых строк в стиле DOS в Unix-стиль проблема была решена. (*)
MacVim не жалуется на это, но, по-видимому, имеет проблему с загрузкой .vimrc, когда он содержит переводы строки в стиле dos.
(*) - Новые строки в стиле DOS / Windows состоят из возврата каретки и перевода строки ('\ r \ n'), новые строки в стиле Unix содержат только перевод строки ('\ n').