Если целью является разметка панелей определенным образом, вы должны использовать LayoutManager , а не думать об изменении размера отдельных компонентов просто для макета.
По умолчанию Swing использует FlowLayout, и поэтому ваши панели падают одна за другой, пока в «строке» есть место (а затем они переходят на следующую строку)
Попробуйте использовать GridBagLayout , это не так сложно, как говорят учебники / статьи. Один или два часа, которые вы потратите на изучение этого, очень помогут.
Это поможет вам упорядочить компоненты очень гибко.
Кстати, как вы разрабатываете свои интерфейсы? Если вы используете IDE ( Eclipse + plugins или NetBeans ), то IDE должна помочь вам выполнить раскладку (скажем, через GroupLayout).
Если вы пытаетесь передать код GUI, то GridBagLayout - лучший способ получить «контроль».