Я позволил себе немного изменить ваш сценарий:
@echo off
:start
set /P DIRECTORY=Type Directory to Search:
if not exist %DIRECTORY% goto firstlogin
:choice
set /P c=Include Sub-Directories?[Y/N]?
if /I "%c%" EQU "Y" goto :somewhere
if /I "%c%" EQU "N" goto :somewhere_else
goto :choice
:somewhere
dir "%DIRECTORY%" /A:-r /O:-n /T:c /s /b /o
goto :done
:somewhere_else
dir "%DIRECTORY%" /A:-r /O:-n /T:c /s /b /o
goto :done
:firstlogin
echo Directory does not exist!
Pause
goto :start
:done
Ваш пользователь может не иметь прав доступа ко всем подкаталогам, например
c:\>dir "System Volume Information"
Volume in drive C is sys
Volume Serial Number is 7A8D-49E2
Directory of c:\System Volume Information
File Not Found