Вы можете сделать что-то вроде этого:
- Создайте папку с именем что-то вроде библиотеки
- Поместите ваши пользовательские сборки в эту папку
- Убедитесь, что ваши ссылки указывают на сборки в этой папке
На этом этапе вы сможете включить эту папку с этими сборками в систему контроля версий.