Наличие на сервере рабочего дерева не влияет на клиентов, которые напрямую клонируют удаленный репозиторий.
В любом случае они получат полную копию объектов удаленного репозитория, и при начальном клоне будет настроена локальная ветвь для отслеживания ветки по умолчанию удаленного репозитория (обычно главной), и эта локальная ветвь будет проверена.
Обычно рекомендуется, чтобы удаленное хранилище было обнажено, поскольку попытка переместить его в извлеченную ветвь может привести к тому, что рабочее дерево удаленного будет не синхронизировано с извлеченной веткой. Обычно удаленному хранилищу не обязательно иметь рабочее дерево.