Является ли зависимость System.Configuration единственной проблемой? Если это так, вы всегда можете попытаться обойти это, добавив эту возможность. Например, SDNET OpenNETCF имеет пространство имен OpenNETCF.Configuration, которое отражает большую часть пространства имен System.Configuration. Возможно, вы сможете изменить subsonic, чтобы использовать это пространство имен, или изменить и перекомпилировать сборку SDF для использования System.Configuration в качестве пространства имен.