Короче, нет. Общепринятым подходом является либо обучение вашей команды тому, как развиваться в сравнении с вашими библиотеками, либо редизайн. Первое решение может быть сделано довольно легко, создавая документы с помощью phpdoc и устанавливая видимость в комментариях docbloc с помощью @visibility, и, конечно, фактически документируя классы. Во-вторых, я не смог бы прокомментировать, не зная немного больше деталей.
/**
* Some helper class for LibraryInterface
*
* ATTENTION!
* This class should not be used outside this package.
*
* @visibility package
* @package mypackage
*/
class Helper
{
public function doStuff()
{
/* does stuff */
}
}
/**
* Class for accessing some part of the library.
*
* @visibility public
* @package mypackage
*/
class LibraryInterface
{
public function doStuff()
{
$this->helper->doStuff();
}
}