Это можно сделать, отредактировав файл dbml в редакторе xml (щелкните правой кнопкой мыши файл dbml в обозревателе решений, выберите «открыть с помощью…», а затем «редактор XML»). Перегруппируйте свойства в редакторе xml, затем сохраните файл dbml, переключитесь обратно на визуальный конструктор, внесите незначительные изменения (например, изменение макета) и сохраните снова, чтобы принудительно восстановить код. Сам визуальный дизайнер не позволяет вам легко переставлять столбцы.
Если вы ищете способ сохранить ваши свойства в том же порядке, что и столбцы db, с минимальными усилиями, взгляните на мою надстройку ; он добавляет полную синхронизирующую способность разработчику L2S в VS2008, VS2010, VS2012 и VS2013. Также имеется возможность синхронизировать порядок столбцов между базой данных и файлом L2S DBML.