Вы можете изменить команду для запуска приложения из командной строки на:
start /wait YourApplication.exe
Обычно поведение командной строки зависит от подсистемы, используемой вашим приложением (Консоль / Windows). Поскольку приложение с подсистемой Windows не имеет стандартных потоков ввода / вывода, консоли не нужно их ждать.
Но вы можете изменить свое приложение на консольное и использовать существующие формы как обычно. Эта ссылка показывает пример.