Эта функция будет только проверять, существует ли файл - что означает доступ к диску (что может занять немного времени, но не так много)
Учитывая, что ваше приложение, вероятно, состоит из десятков (если не сотен) файлов PHP, которые должны быть прочитаны для каждого запроса, я не думаю, что один file_exists имеет какое-либо значение.
(Ну, по крайней мере, пока вы проверяете файл на локальном диске - не проходя через сетевой диск или что-то в этом роде)
В качестве пояснения: если вы хотите определить, сколько ресурсов процессора тратится в ваших PHP-скриптах, вас может заинтересовать расширение Xdebug , которое обеспечивает функциональность профилирования.
Вы можете прочитать этот ответ, который я дал некоторое время назад, что довольно долго: Как я могу измерить скорость кода, написанного на php? - я не буду копировать-вставлять его здесь.
Возможно, вы также захотите прочитать мой ответ на этот вопрос (есть раздел, где я писал о Xdebug и профилировании) : Оптимизация веб-сайтов на Kohana для скорости и масштабируемости