Да, но это немного хлопотно - вам нужно отредактировать файл проекта вручную.
Вот пример из проекта, над которым мы с Марком Гравеллом работаем:
<Compile Include="Linq\Extensions\DataProducerExt.cs" />
<Compile Include="Linq\Extensions\DataProducerExt.SingleReturn.cs">
<DependentUpon>DataProducerExt.cs</DependentUpon>
</Compile>
<Compile Include="Linq\Extensions\DataProducerExt.Grouping.cs">
<DependentUpon>DataProducerExt.cs</DependentUpon>
</Compile>
<Compile Include="Linq\Extensions\DataProducerExt.Pipeline.cs">
<DependentUpon>DataProducerExt.cs</DependentUpon>
</Compile>
<Compile Include="Linq\Extensions\DataProducerExt.Conversion.cs">
<DependentUpon>DataProducerExt.cs</DependentUpon>
</Compile>
<Compile Include="Linq\Extensions\DataProducerExt.Math.cs">
<DependentUpon>DataProducerExt.cs</DependentUpon>
</Compile>
Обратите внимание на элемент «DependentUpon» в каждой из зависимостей. Это отображается соответствующим образом в VS, с DataProducerExt.cs в качестве родителя.