Нет особого смысла в шифровании вашего js-файла, все знают, что вы можете просмотреть исходный код любого веб-сайта. Я полагаю, что для javascript есть шифровальщики, но пользователям придется загружать модуль decryptor для его расшифровки. Кроме того, поскольку браузер должен интерпретировать код, его, вероятно, будет не так сложно обойти.
Вы могли бы запутать код, но я бы сделал это, используя технику минимизации, и больше из соображений производительности, а не из-за сокрытия кода, некоторые обфускаторы более навязчивы, чем другие, но опять же, код можно переформатировать исходные имена переменных не подлежат восстановлению.