Файлы cookie могут быть связаны с конкретным доменом, поддоменом, путем и протоколом (http / https). Вам нужно указать путь при настройке куки в PHP:
setcookie("TestCookie", "Value", time()+3600 , '/' );
Четвертый параметр привязывает его к корню сайта, и он будет доступен в любом подкаталоге основного сайта.
Если вы хотите, чтобы он был доступен в основном домене и любом поддомене, укажите пятый параметр, например:
setcookie("TestCookie", "Value", time()+3600 , '/', '.example.com' );
Теперь он будет доступен для чтения по адресу:
www.example.com
example.com/newdir
awesome.example.com/newdir