Вы должны оставаться как можно дальше от изменения любых других файлов. Проблема маршаллинга / демаршаллинга во многом зависит от этих файлов, и ваши изменения могут вызвать проблему в самой базовой логике.
В идеале, если Java-скелеты генерируются правильно, вам никогда не потребуется изменять другие java-файлы. Используйте только их.
Расширение других java-файлов также сложно, так как маршаллер должен понимать, как маршалировать ваши подклассы