Да, WCF может и будет использовать WS-AtomicTransactions, когда это уместно, в основном в сценариях взаимодействия (с клиентами или службами, отличными от .NET).
Но, как и много раз, функциональная совместимость достигается по цене (производительности), и если все ваши клиенты и службы работают на базе Windows, WCF решит использовать OleTransactions (OleTx для простых случаев с одним долговременным хранилищем) или MS-DTC (для более сложных сценариев с участием нескольких магазинов длительного пользования) - по соображениям производительности и простоты.
Таким образом, WCF не требуется MS-DTC как таковой, но WCF (и вы!) Могут извлечь из этого пользу в сценариях только для Windows.