Прежде всего, в Eclipse есть классная функция, которая называется меню «Предпочтения» и расположена под меню окна, расположенного в верхней части экрана. Внутри есть всевозможные настройки практически для всего, что вы можете настроить, включая опцию отключения собственных перехватов файловой системы и опроса (в разделе «Общие» -> «Рабочая область»). Это фактическое решение вашей проблемы, так как автоматическое отключение сборки не решает проблему внешних папок, как только вы создаете свой проект, он сразу начинает восстанавливать их. Просто имейте в виду, что если вы вообще обновите свой Android SDK, вам, вероятно, потребуется щелкнуть правой кнопкой мыши корневой каталог вашего проекта и нажать обновить после завершения обновления.
Во-вторых, что касается Netbeans, то здесь есть как минимум полдюжины страниц сообщений на форумах и различные способы использования Android SDK с ним, которые также доступны через Google, я бы посмотрел.