Я очень надеюсь, что вы заранее сообщили клиенту, что разрабатывали это в CI. Не поймите меня неправильно - я люблю КИ. Но меня несколько беспокоит эта ситуация:
- Вы ничего не знаете об основной системе клиента, кроме того, что "это PHP"
- вы, кажется, никогда не рассматривали возможность возникновения такой ситуации - что клиент захочет интегрировать ваш продукт со своей базовой системой
- что вы могли бы подумать, что допустимо использовать системы оплаты и аутентификации, отличные от тех, которые уже использовались клиентом
Тем не менее - и если предположить, что запрос на интеграцию пришел хорошо после того, как разработка уже началась - это то, что известно как Scope Creep .
Что вам следует сделать, это обсудить это с клиентом. Сообщите им о достигнутом вами прогрессе и о том, сколько времени потребуется, чтобы завершить проект в соответствии с первоначальным указанием. Сообщите клиенту, что необходимо внести изменения, как вы описали выше, а также уровень усилий, необходимых для внесения этих изменений.
Это решение клиента, а не ваше.