Когда приложение Rails запускается в рабочем режиме, оно предварительно загружает свои классы и получает, например, данные столбца из настроенной базы данных. Чтобы использовать несколько баз данных, вам придется прекратить делать это - и это может вызвать гораздо больше проблем, чем решить.
Гораздо проще управлять решением - просто иметь две копии приложения, по одному на каждый домен.
Приложение Rails, как правило, предназначено для запуска с поддержкой одной базы данных. Если у вас есть данные, относящиеся только к одному домену, то все ваши данные могут находиться в одной базе данных, но соответствующие модели связаны с конкретной Модель "SiteDomain", которой вы можете управлять контентом.