Вы можете попытаться выгрузить проект WCF в решении, а затем отладить.
Извините, что было поздно, я быстро перечитал последнюю часть, тогда единственный известный мне способ - закомментировать веб-части в группе свойств проекта. Это предотвратило всплывающее окно для меня
Выгрузите проект, закомментируйте упомянутую часть, перезагрузите.
<!--<PublishUrl>http://localhost/WindowsFormsApplication1/</PublishUrl>
<Install>true</Install>
<InstallFrom>Web</InstallFrom>
<UpdateEnabled>true</UpdateEnabled>
<UpdateMode>Foreground</UpdateMode>
<UpdateInterval>7</UpdateInterval>
<UpdateIntervalUnits>Days</UpdateIntervalUnits>
<UpdatePeriodically>false</UpdatePeriodically>
<UpdateRequired>false</UpdateRequired>
<MapFileExtensions>true</MapFileExtensions>
<ApplicationRevision>0</ApplicationRevision>
<ApplicationVersion>1.0.0.%2a</ApplicationVersion>
<IsWebBootstrapper>true</IsWebBootstrapper>
<UseApplicationTrust>false</UseApplicationTrust>
<BootstrapperEnabled>true</BootstrapperEnabled>-->