Вы правы, думая об удалении EntityObject, артефакты классов EF не должны раскрываться по проводам.
Пожалуйста, пожалуйста, используйте шаблон DTO для объектов, которые передаются по проводу.
Если вы создаете новые классы DTO (вручную или с помощью шаблона T4) и используете что-то вроде AutoMapper для отображения данных туда и обратно.
Сериализованные полезные данные будут намного проще и более пригодны для повторного использования.