Я не верю, что есть простой способ сделать это. print_r(get_defined_functions()); в файле, который может быть включен в конец каждого файла или в глобальный. Соберите выходные данные и выполните поиск во всех ваших файлах вызовов функций. Это изолирует ваши функции.
Или
Переместите все функции во включаемый файл, закомментируйте функции и затем допустите ошибку приложения. Когда вы получаете ошибки для этих функций, снимите комментарий для устранения ошибок. В конце всех ваших проверок у вас будет список закомментированных функций, которые не используются.
В любом случае это не легко.