x <- c(3,3,3,3,2,2,2,3,1,NA,NA,2,2)
y <- c(4,2,3,4,3,4,4,4,3,4,3,3,3)
sum(x*y,na.rm = T)/sum(!is.na(x*y))
[1] 8
EDIT
В случае факторов сначала конвертируйте их в числовые
x <- as.factor(c(3,3,3,3,2,2,2,3,1,NA,NA,2,2))
y <- as.factor(c(4,2,3,4,3,4,4,4,3,4,3,3,3))
xy <- as.numeric(as.character(x)) * as.numeric(as.character(y))
sum(xy,na.rm = T)/sum(!is.na(xy))
[1] 8