Да, если вы используете HTTPS-аутентификацию, все коммуникации с сервером шифруются.
Постарайтесь убедиться, что серверная сторона не хранит информацию о кредитной карте НИГДЕ, даже временные каталоги. Это гораздо, гораздо более вероятно, что сервер будет взломан и кредитные карты будут взяты таким образом, чем кто-либо будет перехватывать трафик iPhone.