Сначала модель: создайте объект, щелкните правой кнопкой мыши: добавьте ассоциацию, выберите один и тот же объект, отметьте его «многие ко многим» на обоих концах.
База данных первая: создайте две таблицы: Node и Edge, Edge содержит две ссылки на Node. (Используя соответствующие PK, FK).