Есть ли проблемы с переносимостью?
Только если у вас по-прежнему есть «файлы, специфичные для порта».
Будет ли он платить в долгосрочной перспективе?
Готовая полка дешевле, чем изготовленная вручную. Период. Вы должны очень, очень неохотно делать что-либо вручную. Всегда загружайте сначала, редко настраивайте и создавайте новые, только когда невозможно запустить существующий инструмент в эксплуатацию.
каким должен быть мой выбор: "cmake", "scons" или какой-то другой?
Это едва имеет значение. Вы можете бросить монету сейчас.
Вы можете скачать оба и попробовать оба. Их довольно легко выучить.
Изучив их, вы можете бросить монету.
Важно отбросить вашу систему сборки как можно быстрее. Для этого вы должны полностью выучить новый. Многие люди отказываются полностью изучать новый. Они наполовину изучают новый, а затем продолжают утверждать, что старый был как-то «лучше».
Полностью выучите новый. Полностью удалите старую. Не оглядывайся назад.