Я хотел бы предложить, чтобы, если вы начинаете с языка Java, сначала используйте IDE (Eclipse, Netbeans, Intellij IDEA или другое. Для первого шага позвольте IDE выполнять свою работу. Затем, как только вы быстро эволюционируете, используйте менеджер сборки (Ant, Maven, Gradle, ...). Рекомендуется всегда иметь менеджера сборки для контроля сборки.