Наиболее очевидная проблема заключается в том, что любой посетитель страницы, использующий браузер с отключенным JavaScript, не получит макет. Если вы готовы отвернуться от этих людей, это не может быть препятствием для вас.
Также могут быть проблемы с производительностью, задержки при изменении размера окна браузера и тому подобное.
Я не говорю, не делай этого; если это подходит для вашей целевой аудитории. Но посмотрите, сможете ли вы избежать этого или хотя бы грациозно ухудшить, если JavaScript не включен. (Отключите JavaScript и перейдите, например, к SO; все еще очень можно использовать только для чтения.)
Если вы делаете это, по-прежнему обязательно пометьте свой контент на главной странице (а не только добавляйте его динамически) и используйте максимально семантическую разметку, какую только сможете, для улучшения своих поисковых возможностей.