В интернете я нашел следующую команду:
DBMetal.exe /namespace:Namespace /provider:SQLite "/conn:Data Source=database.db" /code:CodeFile.cs
Только в загруженной мной версии DBMetal произошла ошибка (Невозможно разрешить databaseConnectionType: System.Data.SQLite.SQLiteConnection)
Я исправил это, загрузив код из транка (http://dblinq2007.googlecode.com/svn/trunk),, скомпилировав его и использовав сгенерированный DBMetal.exe с вышеуказанной командой.