Я бы предложил включить ваш проект в систему контроля версий. В наши дни популярными являются Subversion (в Xcode есть встроенная поддержка, но поддержка довольно дурацкая), git и Mercurial, которые отлично работают на Mac.
Вы бы добавили свой проект в репозиторий git / svn / hg / etc, а затем «пометили» репозиторий чем-то значимым («Доставка версии 1.3» или что-то в этом роде) (в качестве альтернативы вы могли бы просто ветвить свой проект в его текущем состоянии и дать этому значимое имя). Затем вы можете делать свои разработки, добавлять и фиксировать изменения в своем хранилище. Если вам нужно вернуться к старой версии доставки, это довольно просто, потому что вы пометили ее перед началом работы (представьте себе тег как снимок).
Другой вариант - запустить новый проект Xcode и скопировать его заново. Я лично сделал это и прекрасно отправил в App Store (просто убедитесь, что такие вещи, как идентификатор пакета вашего приложения "com.whever.app" совпадает с оригинальным, и убедитесь, что вы правильно указали код) и все готово .
Сказав, что, если у вас нет действительно веской причины начать новый проект, вам, вероятно, лучше использовать управление исходным кодом с помощью одного из вышеупомянутых инструментов (мой выбор - git).