После установки вы сможете вызывать FTP.EXE как задание после установки. Это можно сделать в коде, как описано в файле справки InnoSetup. Помните о том, что имя пользователя и пароль вашего FTP-сервера должны быть сохранены в установочном файле - вы можете создать какую-то анонимную учетную запись, прежде чем приступить к работе ...