В стандартной версии Notepad ++ есть помощь по коду для языков, а не для фреймворков. Для jQuery вы должны установить язык Javascript. В меню перейдите к:
Language => J => Javascript
Я считаю, что Notepad ++ также должен быть достаточно умным, чтобы автоматически делать это, если вы открываете файл .js.