Ну, это во многом зависит от того, насколько ваши пользователи вовлечены в сайт.
Если они не являются зарегистрированными пользователями какого-либо вида (с логином), на самом деле нет смысла использовать базу данных - они могут быть просто случайными людьми, которые занимают место. Для этого я бы использовал долгосрочные куки.
Таким образом, маловероятно, чтобы было слишком сложно настроить параметры настройки - возможность изменять определенные правила CSS была бы совершенно глупой для большинства пользователей, если не для всех пользователей. Не сказано, что вы можете выбрать для них возможность изменять различные настройки одновременно, например, изменять форму ящиков.
Эти настройки можно переписать в очень маленькие фрагменты данных и использовать как с файлами cookie, так и с базами данных.
Можно прочитать файл , но затем для некоторого вида переменных типа "чтение один раз и сохранение в сеансе", скажем, из файла XML с общими пользовательскими данными. Но опять же, это то же самое, что и использование базы данных.