Если вы вызываете любой метод Desktop
на сервере, то, конечно, реакция будет происходить на сервере.
Если вы хотите, чтобы на клиенте всплыло окно, то вызовите метод на клиенте.
Какой клиент вы используете?
Если вы используете полнофункциональный Java-клиент, то это изменение должно быть относительно простым.