Да. Когда вы вызываете метод, передайте параметры, которые соответствуют требуемой перегрузке.
Например:
Type tp = myInstance.GetType();
//call parameter-free overload
tp.InvokeMember( "methodName", BindingFlags.InvokeMethod,
Type.DefaultBinder, myInstance, new object[0] );
//call parameter-ed overload
tp.InvokeMember( "methodName", BindingFlags.InvokeMethod,
Type.DefaultBinder, myInstance, new { param1, param2 } );
Если вы делаете это наоборот (то есть, находя MemberInfo и вызывая Invoke), будьте осторожны, чтобы получить правильный вариант - перегрузка без параметров может быть первой найденной.