Если вы выполняете двоичное сравнение с автономной JRE и JRE, включенными в JDK, они бинарные отличаются (по крайней мере, в версии Windows).
Количество классов в rt.jar равно, но из любопытства я запустил 'javap' для всех классов в обоих и сравнил результаты.
Единственное отличие, которое я вижу, состоит в том, что в версии JDK есть строки типа 'Compiled from "Serializable.java' перед кодом класса.
Я не думаю, что это должно иметь какое-либо влияние на конечного пользователя, поэтому эти JRE должны фактически вести себя одинаково.