Вместо того, чтобы изменять настройки пула приложений в IIS, вы должны временно изменить атрибут httpRuntime executeTimeout в web.config. По умолчанию это 110 секунд, что обычно достаточно времени, но не при отладке. Увеличение времени ожидания приведет к тому, что запросы к серверу будут выполняться дольше.
<system.web>
<httpRuntime executionTimeout="360" />
</system.web>
Это устанавливает его на 6 минут (360 секунд).
После завершения отладки вы можете удалить атрибут, и IIS вернется к значению по умолчанию.