Использование таких библиотек, как prototype и jquery внутри расширения Firefox - сложная вещь. Проблема в том, что JQuery не загружается в том же контексте при загрузке из XUL, чем при загрузке с веб-страницы. Поэтому, если вы пытаетесь манипулировать содержимым на странице, библиотека, загруженная в XUL, не увидит страницу DOM там, где она ожидает. С JQuery (не уверен насчет прототипа) вы можете решить эту проблему, указав правильный контекст.
Во-вторых, импорт библиотек внутри расширения в оверлее browser.xul поместит все функции и переменные, определенные в библиотеке, в глобальное пространство имен, потенциально конфликтуя с другими расширениями и даже кодом Firefox. Это может вызвать большой беспорядок.
В этом сообщении на форуме больше информации о JQuery, но применяются те же проблемы ... возможно, предложенные решения могут быть полезны для вас:
http://forums.mozillazine.org/viewtopic.php?f=19&t=1460255